Ditinjau dari segi historis pedagogis, berdirinya IKIP PGRI Kalimantan Timur merupakan rangkaian yang tidak terpisahkan dengan proses peleburan/transfer IKIP Samarinda ke Universitas Mulawarman pada akhir tahun akademik 1978, banyak diantara Mahasiswa IKIP Samarinda mengalami kesulitan menempatkan diri dalam memilih jurusan Program Studi pada FKIP UNMUL karena tidak relevan dengan jurusan yang sebelumnya ada di IKIP Samarinda, Selain dari faktor jurusan yang berbeda juga jam perkuliahan yang tersedia hanya waktu pagi padahal yang mengikuti kuliah kebanyakan dari para guru, akibatnya banyak mahasiswa putus kuliah.
Memperhatikan hal yang demikian, dan didorong adanya keinginan untuk membantu/memberikan kesempatan kepada para guru dan calon guru untuk melanjutkan studi ke jenjang yang lebih tinggi sesuai dengan irama perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi yang senantiasa terus berkembang, maka pada bulan Juni 1979 dibentuklah panitia pendiri untuk mendirikan kembali Lembaga Pendidikan Tenaga Kependidikan (LPTK) yaitu sebuah IKIP yang diprakarsai oleh alumnus IKIP Samarinda. Panitia Pendiri mengadakan pendekatan dengan Yayasan Pendidikan PGRI Daerah XVI Kalimantan Timur, dan bersepakat untuk merealisasikan rencana tersebut maka ditetapkan sebuah Lembaga Pendidikan Perguruan Tinggi dengan nama IKIP PGRI Kalimantan Timur, dengan mengambil awal tahun akademik pada bulan September 1979, dimana pada bulan-bulan sebelumnya telah dilaksanakan penerimaan mahasiswa oleh panitia (bulan Juni s.d bulan Agustus).